Elle est fondée au milieu du XIIe siècle sous l'impulsion du comte de ChampagneThibaut II de Champagne, de Bernard de Clairvaux et de l'évêque de TroyesHatton, qui y envoient des moines de l’abbaye de Clairvaux menés par Alain de Flandre qui deviendra leur premier abbé. La jeune abbaye est rapidement l'objet de nombreux dons de la noblesse et de la bourgeoisie locales, ce qui lui permet de se constituer un patrimoine foncier important et de se doter d'un réseau de plusieurs granges, dès ses premières décennies d'existence. Toutefois, la proximité de l'abbaye-mère de Clairvaux, qui capte l'essentiel des dons et des vocations, l'empêche de se développer davantage et elle ne parviendra jamais à essaimer.
Lors de la guerre de Cent Ans, l'abbaye est ravagée par les Anglais. Après la fin du conflit, dans l'impossibilité de relever les bâtiments, les religieux supplient l'évêque de Troyes Jean Lesguisé de reprendre l'administration de l'abbaye afin qu'elle puisse reprendre son développement. Elle retrouve alors une assise économique importante et entreprend sa reconstruction, notamment une nouvelle église abbatiale, et la réalisation d'œuvres d'art remarquables ; parmi elles, un retable sculpté par Jacques Juliot dont ne subsistent que quelques fragments de la prédelle exposés à Troyes et au Metropolitan Museum of Art de New York.
Dans la première moitié du XVIe siècle, le premier abbé commendataire pourvoit l'abbaye d'une imprimerie, mais cela n'est pas suffisant pour empêcher le lent déclin de l'abbaye, qui voit ses revenus ainsi que le nombre de moines diminuer.
À la fin du XVIIIe siècle, les bâtiments sont délabrés et il devient alors nécessaire d'envisager la démolition de l'abbatiale. Quand survient la Révolution française, l’abbaye est confisquée comme bien national puis vendue à des particuliers qui entreprennent la destruction de la majeure partie des bâtiments. Aujourd'hui, seuls subsistent une partie du mur d'enceinte, la bergerie et le moulin.
Durant le tournage de Fitzcarraldo, les tensions entre le réalisateur Werner Herzog et le colérique Klaus Kinski furent telles que deux Matsigenka recrutés pour le tournage proposèrent à Herzog d’assassiner l’acteur gratuitement.
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