• Wicemistrz Ligue 2: 1989
• Mistrzostwo alzackiej Gauligi: 1941, 1943, 1944

Klub założony został w 1893w wówczas niemieckim Mülhausen jako FC Mülhausen. Tym samym uznano go za drugi najstarszy klub francuski po Le Havre AC. Od 1904 należał do VSFV – Verband Süddeutscher Fussball Vereine (Południowoniemieckiego Związku Klubów Piłkarskich). Po I wojnie światowej Niemcy stracili Alzację na rzecz Francji, co spowodowało zmianę nazwy klubu na FC Mulhouse, która obowiązuje do dziś, z małą przerwą podczas II wojny światowej, gdy wrócono do niemieckiej nazwy FC Mülhausen.

FC Mulhouse znalazł się wśród założycieli francuskiej I ligi w 1932 roku. Mulhouse zajął 10 (ostatnie) miejsce w grupie A i spadł z ligi. W 1934 roku powrócił do I ligi i występował przez 3 sezony, osiągając w sezonie 1934-35 6. miejsce w lidze. Po spadku w 1937 roku FC Mulhouse przez długie lata grał w niższych ligach. Dopiero w sezonie 1982-83 roku wrócił do Ligue 1, jednakże zajął ostatnie 20. miejsce i spadł do Ligue 2. Ostatni raz w Ligue 1 występował w sezonie 1989-90, lecz i tym razem zajął 20. miejsce w lidze i spadł do Ligue 2. W latach 1990–1998 FC Mulhose występował w 2 lidze. W sezonie 1990–1991 występował w klubie z Miluzy polski piłkarz Grzegorz Więzik, który wystąpił 35 spotkaniach i strzelił 2 bramki. W 1999 Mulhouse spadł do Championnat National (3. liga), a od 2000 roku do chwili obecnej występuje w Championnat de France amateur (4. liga).

• Strona oficjalna (fr.)