El arreglo físico de la biblioteca de Cotton continúa reflejándose en las citas de los manuscritos que antes estaban en su posesión. Su biblioteca estaba ubicada en una habitación de 26 pies (7,9 m) de largo por 6 pies de ancho, llena de estanterías, cada una coronada por el busto de una figura de la [[antigüedad clásica]].<ref>Murray, Stuart A. P. (2012) [2009]. ''The Library: An Illustrated History''. New York: Skyhorse Publishing. pp. 122–124. ISBN <bdi>9781616084530</bdi>.</ref> En sentido contrario a las agujas del reloj, estos estaban catalogados como [[Julio César|Julio]], [[Augusto]], [[Cleopatra]], [[Faustina la Menor|Faustina]], [[Tiberio]], [[Calígula]], [[Claudio]], [[Nerón]], [[Galba]], [[Otón]], [[Vitelio]], [[Vespasiano]], [[Tito]] y [[Domiciano]].<ref>{{Cita web|url=http://www.bl.uk/reshelp/findhelprestype/manuscripts/cottonmss/cottonmss.html|título=Cotton manuscripts". British Library. Archived from the original on 12 September 2016. Retrieved 29 December 2016.|fechaacceso=4 de octubre de 2024|fechaarchivo=12 de septiembre de 2016|urlarchivo=https://web.archive.org/web/20160912081329/http://www.bl.uk/reshelp/findhelprestype/manuscripts/cottonmss/cottonmss.html|deadurl=yes}}</ref><ref name=":1">{{Cita libro|título=A catalogue of the manuscripts in the Cottonian Library deposited in the British Museum|url=https://archive.org/details/ACatalogueOfTheManuscripts1802/page/n71/mode/2up|editorial=London : Luke Hansard|fecha=1802|fechaacceso=2024-10-04|nombre=Joseph|apellidos=Planta}}</ref> Esta última catalogación, Domiciano solo tenía una estantería, probablemente por estar sobre la puerta. Los manuscritos se designan hoy en día por biblioteca, estantería y número: por ejemplo, el manuscrito de ''[[Beowulf]]'' está designado como Cotton Vitellius A.xv, y el manuscrito de ''Pearl'' es Cotton Nero A.x.<ref>Thomas Smith, ''Catalogus Librorum Manuscriptorum Bibliothecæ Cottonianæ'' (Oxford: Sheldonian Theatre, 1696)</ref><ref>C. Tite, ''Catalogue of the Manuscripts in the Cottonian Library, 1696'' (Cambridge: D. S. Brewer, 1984)</ref>

 

[[Archivo:Sir_Gawain_first_page_670x990.jpg|derecha|miniaturadeimagen| ''[[:en:Pearl_Manuscript|Cotton Nero A.x]]'']]