新宿ステーションビルディングは[[伊勢丹]]、[[高島屋|髙島屋]]、[[西武グループ]]、[[丸正]]、[[鉄道弘済会]]、[[井野硯哉]]（参議院議員・新宿ステーションビル初代社長・新宿ベルク井野朋也店長の祖父）などが株主として名を連ねた。当初は髙島屋が新宿店開設を狙ったが、地元の伊勢丹や[[西武新宿線]]と[[西武新宿駅]]を持つ西武グループが猛反発して巻き返したため、結果的に共同運営の専門店ビルとなった。

オープン当時には西武新宿駅を接続させる計画があったため、[[スタジオアルタ]]側の2階部分は駅舎・ホーム建設用に強固な構造になっている。しかし、6両編成までしか有効長がとれなかったために乗り入れは断念された。中村健治著「東京 消えた! 鉄道計画」イカロス出版刊46Pには「確保した狭い駅ビル内ではホームの長さが足りないことが判明した」と、ビル内にホームを建設を予定し、２階吹き抜け部分がホーム跡地であるかのような記述があるがこれは誤りである。　「建築界」１９６４1964年８8月号「新宿東口民衆駅・新宿駅東口地下駐車場」等に掲載された図面では、西武鉄道の改札はビルの、[[スタジオアルタ]]側端部にあり、ホームはビルの外に計画されており、吹き抜けとは関係ないことがわかる。なお、地下1階のうち[[駅前広場]]下部分は、地下2階に設置している[[都市計画駐車場]]（東京都市計画駐車場第11号新宿駅東口駐車場、株式会社ルミネ運営）の併設[[地下街]]として位置づけられており、地下街としての正式名称は「'''新宿駅東口地下街'''」<ref>[http://www.reiki.metro.tokyo.jp/reiki_honbun/ag10143011.html 消防法第8条の2第1項の規定により消防総監が指定する地下街]</ref>である。

設立時において新宿ステーションビルディングは[[国鉄]]の非出資会社であった（財団法人代わりに[[鉄道弘済会]]が出資。）。新宿地区は国鉄および[[分割民営化]]後のJR東日本にとっても極めて重要な拠点であるため、JR東日本は新宿ステーションビルディングに資本参加することによってグループ会社化することを検討してきたが、それに反対する株主が新宿ステーションビルディングの株式を買い集める挙に出た<ref name=jr434 />。[[1989年]]年には、西武百貨店はJR東日本にステーションビルの社長交代（反JR派への交代）や役員増員などを要求し、6月の臨時取締役会で西武百貨店からステーションビルへ人材を送り込み「マイシティは西武百貨店の植民地と化している」と言われた。しかしJR東日本側も巻き返し、翌[[1990年]]年6月には西武系役員は退陣するに至った。この事態を受け、JR東日本は新宿ステーションビルディングと粘り強い交渉を重ね、お互い相協力して新宿東口の再開発を早急に策定し、もって地域経済およびマイシティの発展向上を図ることを確認し、[[1991年]]3月に新宿ステーションビルディングがJR東日本を引受先とする[[第三者割当増資]]を実施した。これにより、JR東日本は新宿ステーションビルディングおける発行済み株式の50.8%を保有することになった<ref name=jr434 />。その後もJR東日本は新宿ステーションビルディングの株式の買取を進め、[[ルミネ]]との合併前には95.8%の株式を保有していた<ref name=jr434 />。