新宿ステーションビルディングは[[伊勢丹]]、[[高島屋|髙島屋]]、[[西武グループ]]、[[丸正]]、[[鉄道弘済会]]、[[井野硯哉]]（参議院議員・、新宿ステーションビル初代社長・、新宿ベルク井野朋也店長の祖父）などが株主として名を連ねた。当初は髙島屋が新宿店開設を狙ったが、地元の伊勢丹や[[西武新宿線]]と[[西武新宿駅]]を持つ西武グループが猛反発して巻き返したため、結果的に共同運営の専門店ビルとなった。

設立時において新宿ステーションビルディングは[[日本国有鉄道|国鉄]]の非出資会社であった（代わりに[[鉄道弘済会]]が出資。）。新宿地区は国鉄および[[国鉄分割民営化|分割民営化]]後のJR東日本にとっても極めて重要な拠点であるため、JR東日本は新宿ステーションビルディングに資本参加することによってグループ会社化することを検討してきたが、それに反対する株主が新宿ステーションビルディングの株式を買い集める挙に出た<ref name="jr434" />。[[1989年]]には、西武百貨店(現・:[[そごう・西武]])はJR東日本にステーションビルの社長交代（反JR派への交代）や役員増員などを要求し、6月の臨時取締役会で西武百貨店からステーションビルへ人材を送り込み「マイシティは西武百貨店の植民地と化している」と言われた。しかしJR東日本側も巻き返し、翌[[1990年]]6月には西武系役員は退陣するに至った。この事態を受け、JR東日本は新宿ステーションビルディングと粘り強い交渉を重ね、お互い相協力して新宿東口の再開発を早急に策定し、もって地域経済およびマイシティの発展向上を図ることを確認し、[[1991年]]3月に新宿ステーションビルディングがJR東日本を引受先とする[[第三者割当増資]]を実施した。これにより、JR東日本は新宿ステーションビルディングおける発行済み株式の50.8%を保有することになった<ref name="jr434" />。その後もJR東日本は新宿ステーションビルディングの株式の買取を進め、[[ルミネ]]との合併前には95.8%の株式を保有していた<ref name="jr434" />。