Epigenomik

Funktionelle und Strukturelle Genomforschung

Prof. Dr. Christoph Plass

Abteilungsleiter

Unsere Abteilung beschäftigt sich mit den molekularen Mechanismen, die malignem Zellwachstum zugrunde liegen. Großes Interesse gilt hierbei den epigenetischen Veränderungen während dieses Prozesses u. dem Zusammenwirken von epigenetischen u. genetischen Veränderungen in der Tumorgenese.

Unsere Forschung

Eine Herausforderung ist es, den Einfluss von "Umwelteinflüssen" auf Veränderungen des "Epi-Genoms" zu verstehen, sowie die Auswirkungen auf Entstehung, Verlauf und Schweregrad der bösartigen Erkrankungen sowie Behandlungsoptionen u. Therapieansprechen zu untersuchen. DNA-Methylierung ist einer der wichtigsten Eckpfeiler epigenetischer Modifikationen. Veränderungen von DNA-Methylierung finden sich sowohl bei normalen Entwicklungs- und Differenzierungsprozessen als auch in der Tumorentstehung. Unser Schwerpunkt bei der Analyse aberranter DNA-Methylierungsvorgänge liegt sowohl bei hämatologischen Neoplasien, insbesondere akuten myeloischen Leukämien, als auch bei soliden Tumoren (Nicht-Kleinzelliger Lungenkrebs, Prostatakrebs). Aktuelle Ergebnisse zeigen, dass nicht zufällige, musterartige, Tumortyp-spezifische DNA-Methylierungsveränderungen in malignen Erkrankungen existieren. Hierbei konnten bereits einige neue, durch charakteristische DNA-Methylierungsveränderungen inaktivierte Zielgene identifiziert werden. Darauf basierend, ist es zunehmend möglich, spezifische epigenetische Veränderungen als Marker für Diagnose u. Verlauf bzw. Prognose von Erkrankungen zu verwenden.

Die Epigenetik entwickelt sich schnell und spielt eine Rolle in vielen Bereichen der Krebsforschung. Eine Herausforderung ist hierbei die Einbeziehung epigenetischer Fragen in andere Datensätze. Zum Beispiel beruhte das Profiling von Krebsgenomen in der Vergangenheit hauptsächlich auf der Beschreibung genetischer Veränderungen. Nun müssen epigenetische Datensätze integriert werden, um molekulare Defekte beim Krebs vollständig zu verstehen. Unsere Abteilung legt ihre Schwerpunkte auf die folgenden 4 Forschungsrichtungen:

Evaluierung von genomweiten epigenetischen Mustern
Identifizierung von neuen Krebsgenen und -pathways durch epigenetische Veränderungen
Bestimmung der Rolle, die die Epigenetik beim Krebsrisiko und -verlauf spielt
Evaluierung der Rolle, die die Epigenetik bei der Regulierung der DNA Reparatur spielt

Die weiterführenden Seiten sind derzeit nur auf Englisch verfügbar.

Team

Prof. Dr. Christoph Plass

Abteilungsleiter
Susanna Grenner

Sekretärin
Dr. Clarissa Gerhäuser

Group Leader Prostate Cancer Epigenomics
Dr. Maria Llamazares Prada

Group Leader Lung Cancer Epigenomics
Dr. Michael Scherer

Group Leader Computational and Single-Cell Epigenomics
Dr. habil. Dieter Weichenhan
Dr. Ali Bakr

Postdoctoral Researcher
Dr. Fiona Brown

Postdoctoral Researcher
Maxime de Vrieze
Katherine Kelly

Doktorandin
Nan Zhang

Doktorandin
Elena Everatt

Doktorandin
Gizem Altun

Doktorandin
Kathleen Schlüter

Doktorandin
Sergio Manzano Sanchez

Technician
Marion Bähr

Technician
Peter Waas

Technician
Oliver Mücke

Technician
Kaushani Banerjee

Master Studentin
Thekli Paschali

Master Studentin
Luc Husemann

B. Sc. Student
Yoav Avi-Guy

Gesamtes Team

Ausgewählte Publikationen

2016 - Nat Genet, 48(3):253-264

Progressive epigenetic programming during B cell maturation yields a continuum of disease phenotypes in chronic lymphocytic leukemia

Oakes CC, Seifert M, Assenov Y, Gu L, Przekopowitz M, Ruppert AS, Wang Q, Serva A, Koser S, Brocks D, Lipka D, Bogatyrova O, Mertens D, Zapatka M, Lichter P, Döhner H, Küppers R, Zenz T, Stilgenbauer S, Byrd JC and Plass C

2018 - Cancer Cell 34: 996-1011

Molecular evolution of early-onset prostate cancer identifies molecular risk markers and clinical trajectories

Gerhauser C, Favero F, Risch T, Simon R, Feuerbach L, Assenov Y, Heckmann D, Sidiropoulos N, Waszak SM, Hübschmann D, Urbanucci A, Girma EG, Kuryshev V, Klimczak LJ, Saini N, Stütz AM, Weichenhan D, Böttcher LM, Toth R, Hendriksen JD, Koop C, Lutsik P, Matzk S, Warnatz HJ, Amstislavskiy V, Feuerstein C, Raeder B, Bogatyrova O, Schmitz EM, Hube-Magg C, Kluth M, Huland H, Graefen M, Lawerenz C, Henry GH, Yamaguchi TN, Malewska A, Meiners J, Schilling D, Reisinger E, Eils R, Schlesner M, Strand DW, Bristow RG, Boutros PC, von Kalle C, Gordenin D, Sültmann H, Brors B, Sauter G, Plass C, Yaspo ML, Korbel JO, Schlomm T, Weischenfeldt J

2021 - Nat Commun. 12: 6520

Epigenetic reprogramming of airway macrophages promotes polarization and inflammation in muco-obstructive lung disease

Hey J, Paulsen M, Toth R, Weichenhan D, Butz S, Schatterny J, Liebers R, Lutsik P, Plass C, Mall MA

2023 - Nat Commun. 14: 6731

DNMT and HDAC inhibition induces immunogenic neoantigens from human endogenous retroviral element-derived transcripts

Goyal A, Bauer J, Hey J, Papageorgiou DN, Stepanova E, Daskalakis M, Scheid J, Dubbelaar M, Klimovich B, Schwarz D, Märklin M, Roerden M, Lin Y, Ma T, Mücke O, Rammensee H, Lübbert M, Loayza-Puch F, Krijgsveld J, Walz JS, Plass C

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Progressive epigenetic programming during B cell maturation yields a continuum of disease phenotypes in chronic lymphocytic leukemia

Molecular evolution of early-onset prostate cancer identifies molecular risk markers and clinical trajectories

Epigenetic reprogramming of airway macrophages promotes polarization and inflammation in muco-obstructive lung disease

DNMT and HDAC inhibition induces immunogenic neoantigens from human endogenous retroviral element-derived transcripts

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