Il club venne fondato nel 1970 come Club Deportivo Español Femenino, risultando una delle squadre pionieristiche del calcio femminile in Spagna. Successivamente divenne la sezione femminile del Reial Club Deportiu Espanyol de Barcelona. L'Espanyol è anche tra i membri fondatori del campionato femminile spagnolo, che nel 1988 vide svolgersi la sua prima edizione[1]. Nel 1990 raggiunse la finale della Copa de la Reina, ma venne sconfitto dalla compagine basca dell'Añorga KKE[2]. Nel corso degli anni novanta l'Espanyol alternò stagioni nella massima serie a stagioni nella seconda serie, vincendo anche due Copa de la Reina in due edizioni successive (1996[3] e 1997).
Nel 2001 venne promosso in Superliga. La stagione 2005-2006 risultò essere la miglior per l'Espanyol, poiché vinse il suo primo campionato superando il Siviglia per gli scontri diretti[4] e poi realizzò il double vincendo anche la sua terza Copa de la Reina, battendo in finale il Lagunak dopo i tiri di rigore. Grazie alla vittoria del campionato l'Espanyol partecipò all'edizione 2006-2007 della UEFA Women's Champions League: dopo aver superato la prima fase a gironi, venne però eliminato al termine della seconda fase a gironi. Negli anni successivi l'Espanyol rimase nelle posizioni di vertice della Superliga, senza però riuscire a vincere nuovamente il campionato. Andò vicino al successo nelle stagioni 2009-2010 e 2010-2011, quando raggiunse la finale del campionato, ma venne entrambe le volte sconfitto dal Rayo Vallecano[5][6]. Vincendo la Copa de la Reina in altre tre edizioni (2009, 2010 e 2012), eguagliò il Levante come squadra col maggior numero di vittorie, sei[7].