Die an der Philipps-Universität vertretenen wissenschaftlichen Disziplinen sind in 16 Fachbereichen organisiert. Daneben gibt es verschiedene wissenschaftliche Zentren, die überwiegend fachbereichsübergreifend arbeiten. Eine Reihe von Service-Einrichtungen unterstützen mit ihren vielfältigen Angeboten die Studierenden und Beschäftigten. Zu den besonderen Schätzen der Philipps-Universität gehören fünf Museen, zwei Botanische Gärten, das Chemikum sowie diverse wissenschaftliche Spezialsammlungen. Darüber hinaus gibt es zahlreiche weitere Einrichtungen, die eng mit der Universität zusammenarbeiten.