海巡署（かいじゅんしょ）は、中華民国（台湾）の海洋委員会に属し海上警察に関する業務全般を担当する省庁。いわゆる沿岸警備隊であり、日本の海上保安庁に相当する。 海洋委員会の海巡署は、中華民国（台湾）の海上および沿岸防衛を担当する機関である。　職員は、主に警察官、軍人、税関職員、またはその他の公務員で構成されている。 海巡署は通常、軍事任務に責任を負わないが、戦闘中は国防法第4条に従って海軍の指揮の下で軍事任務を行う。 内部部局は、計画部、検査部、救難部、情報部、兵站部、通信部、秘書局、人事局、会計局、政風局、巡防区指揮部及び警備隊で構成され、国内を、北部分署、中部分署、南部分署、東部分署、金馬澎分署、南東沙分署で分け、他にも艦隊分署、偵防分署、教育訓練試験センターがある。