MHCクラスII分子（英: MHC Class II molecules）は、樹状細胞、単核貪食細胞、一部の内皮細胞、胸腺上皮細胞、B細胞などのプロフェッショナルな抗原提示細胞にのみ通常見られる主要組織適合遺伝子複合体（MHC）分子のクラスである。これらの細胞は、免疫応答を開始する上で重要な役割を果たしている。 MHCクラスII分子によって提示される抗原は、細胞外タンパク質に由来する（MHCクラスI分子のように細胞質基質ではない）。 MHCクラスII分子のローディングは食作用によって行われる。細胞外タンパク質はエンドサイトーシスにより抗原提示細胞（APC）に取り込まれ、リソソームにより消化され、その結果生じるエピトープ性ペプチド断片は、細胞表面へ移動する前にMHCクラスII分子にロードされる。 ヒトでは、MHCクラスIIタンパク質複合体は、ヒト白血球型抗原遺伝子複合体（HLA）によってコードされている。MHCクラスIIに対応するHLAは、HLA-DP、HLA-DM、HLA-DOA、HLA-DOB、HLA-DQ、およびHLA-DRである。 HLA遺伝子複合体の変異は、MHCクラスII欠損症の一種である（BLS）を引き起こす可能性がある。