Kubilius opiskeli fysiikkaaVilnan yliopistossa vuosina 1974–1979. Hän osallistui vuodesta 1988 Sąjūdis-kansanliikkeeseen, ja hänet valittiin Liettuan parlamenttiin (Seimas) ensimmäisen kerran vuonna 1992. Sąjūdisin oikeistolaisesta, konservatiivisesta siivestä muodostui Vytautas Landsbergisin johtama Kotimaan liitto (Liettuan konservatiivit) -puolue, jonka jäsen Kubilius on ollut vuodesta 1993. Puolue suuntautui sittemmin kristillisdemokratiaan ja otti nykyisen nimensä vuonna 2008.[1]
Lokakuun 2008 vaaleissa Kubilius johti Kotimaan liiton, Ylösnousemuksen puolueen ja Liberaalien liikkeen muodostaman oikeistoliittouman voittoon ja nousi pääministeriksi. Vuoden 2012 vaalien jälkeen oikeistopuolueet ovat olleet oppositiossa.[3]