Platsen användes som järnvägsstation första gången 1872 under namnet Friedrichsberg. 1891 öppnades den nuvarande stationsbyggnaden i tegel under namnet Bahnhof Frankfurter Allee. Här fanns tidigare även en godsjärnvägsstation och på järnvägsområdet skapades Östtysklands första containerterminal 1966–1970. Godsterminalen lades ned 1999.
Tunnelbanestationen invigdes 1930 som Frankfurter Allee (Ringbahn) och utformades av Alfred Grenander. Stationen färg är röd med ursprungligen rött kakel på väggarna. Efter att ha ersatts av orangea kakelplattor på 1980-talet är stationens väggar återigen röda efter en sanering 2004.