Fin Fish                                    

Dr. V. Ramaiyan* and Dr. M. Kalaiselvam  
*Professor (Retd.) 
Centre of Advanced Study in Marine Biology, Annamalai University 

F  ish  are  cold‐blooded  aquatic  vertebrates,  possessing  gills  and  fins.  

There  are  24,600  species  of  known  fishes  (Nelson,  1994),  which 
comprise  almost  half  the  number  of  total  vertebrates.    About  95%  of 
fishes  are  teleosts.  Mangrove  habitats  usually  contain  a  rich 
ichthyofauna.  The  mangrove  water  provide  ideal  niche  for  the  juvenile 
fish  owing  to  less  water  motion,  soft  substratum,  enormous  amount  of 
food,  excellent  shelter  and  protection  from  the  predatory  organisms. 
Besides,  the  canopy  of  mangrove  provides  a  cool,  stable  and  humid 
environment,  quite  favourable  to  the  young  fishes.  The  number  of 
finfish  species  in  the  mangroves  exceeds  all  other  habitats.    For  the 
conservation  of  fishery  resources,  it  is  of  great  importance  to  have 
necessary  background  knowledge  on  its  distribution,  seasonal 
occurrence,  biology,  biogeography  and  genetic  diversity.  Continuing 
degradation and destruction of mangroves lead to the disappearance of 
the  finfish  species  associated  with  the  mangroves.    In  the  stupendous 
task  of  conservation  of  mangrove  resources  in  general  and  finfishes  in 
particular,  the  present  manuscript  is  prepared  on  the  methodology  of 
finfish  collection,  preservation  and  easy  identification  of  mangrove 
Ichthyofauna.   

Methods of Collection 
Fishing in mangroves is mainly done by cast net with the help of dugout 
canoe.  Line fishing is also practiced in some areas.  Hook and line gear 
is  very  ancient  and  at  the  same  time  popular  with  modern  fishermen.  
Long  lines  and  hand  lines  are  successfully  used  for  collecting  large 
fishes such as tunas, seer fishes, seabass, rays, sharks and catfishes in the 
sea. Boat seines of several designs are also used for fishing.  Boat seines 
are  bag  nets  of  conical  shape  operated  by  two  canoes  or  catamarans. 
Gillnets,  seines  and  drift  nets  are  entangling  nets  made  of  nylon  or 
cotton.  Gillnets  and  seine  nets  could  be  used  for  gilling  pelagic  shoal 
fishes  such  as  sardines  and  mackerels  in  the  coastal  waters.    Shore 
seines,  beach  seines  or  the  inshore  dragnets  are  also  familiar  types  of 
384 Fin Fish

seines  used  for  coastal  fishing  including  mangrove  areas.    It  does  not 
matter  how  the  fish  are  caught  for  taxonomical  studies,  provided  that 
they  are  not  damaged.  Fisherman  destroying  most  of  their  value  as 
biological  specimens  breaks  off  long  spined  species  often  having  their 
dangerous spines.  Whole individual should be kept wherever feasible. 

Preservation of Samples 
Formalin  is  generally  a  reliable  preservative  after  which  they  can  be 
transferred  to  alcohol  for  lengthy  preservation.  Commercial 
formaldehyde  (trade  name  Formalin)  is  concentrated  one  (about  40%) 
and it must be diluted before use.  
Large  fish  need  formalin  of  10%  strength  but  small  fish  can  be 
preserved  in  a  more  dilute  solution.    Neutralized  formalin  is  to  be 
preferred  because  ordinary  formalin  will  soften  the  bones  after  some 
time.    Further,  specimens  measuring  more  than  a  few  inches  in  length 
should have a slit made at the level of the pectoral fin and care must be 
taken  to  see  that  the  preservative  really  enters  this  slit.  Before  keeping 
the  specimens  in  preservative,  the  median  and  paired  fins  must  be 
spread pinned, and concentrated formalin must be applied for fixation. 
For  storage  of  specimens  after  preservation,  70%  alcohol  is 
preferred.  To transfer the specimens to alcohol, the specimens should be 
soaked and washed thoroughly in water and transferred to 50% alcohol 
for a few days before being put into 70% alcohol either for long storage 
or for packing. 

Taxonomical Characters of Fish 
Fish  display  enormous  diversity  with  respect  to  their  biological 
characteristics and behaviour. In general, morphological characters that 
are seen externally are the ones used in the identification of fishes. The 
countable characters  of a fish  are  collectively called  as meristic and  the 
measurable  characters  are  called  morphometrics.  These  characters  are 
more  superficial  as  well  as  more  variable  and  hence  they  should  be 
employed with caution. 

4.1. Meristic Characters (Fig. 1) 
Among  the  meristic  characters,  scale  counts  (lateral  line  scale  count, 
scales above lateral line, scales below lateral line, scales before dorsal fin, 
cheek scales, circumference scales count, fin ray counts (both spines and 
soft rays) and vertebrae are the most important.  Fin ray formulae used 
in  keys  are  typically  given  thus  D  XIII,  12,  A  III  15,  P  6,  V  I  6,  C  9  (D‐ 
 V. Ramaiyan and M. Kalaiselvam 385

dorsal,  A  –  anal,  P  –  pectoral,  v  –  ventral  or  pelvic,  C  –  caudal).  

Sometimes P I is substituted for P and P2 for V. 
 

 
Fig. 1. Meristic characters in fish. 

Spines:  True spines are single‐shafted and of entire composition.  
They are designated by roman numerals, no matter how rudimentary or 
how flexible they may be. 
Soft rays:  Soft rays are bilaterally paired and segmented and then 
are  usually  not  always,  branched  or  flexible.  They  are  designated  by 
Arabic numerals.  The last ray of the dorsal and anal fins is often divided 
at the base making it difficult to decide whether it should be 1 or 2 (it is 
better to take it as 1 but record it as (+1) to see how it fits in with other 
people’s keys. 
Scale  counts:    The  scales  of  most  fishes  have  either  a  smooth 
exposed  surface  (cycloid  scales)  or  a  minutely  denticulated  surface 
(ctenoid scales) which is rough to the feel, the denticulations can be seen 
with a lens. 
Lateral  line  scale  count:    This  represents  the  number  of  pored 
scales  in  the  lateral  or  number  of  scales  in  the  position  that  would 
normally be occupied` by such scales.  The count is taken from the scale 
in  contact  with  the  shoulder  girdle  to  the  structural  caudal  base  the 
scales wholly on the caudal fin base are not included even when they are 
well developed or pored. 
Scales above lateral line:  Unless otherwise stated these are counted 
from  the  origin  of  the  dorsal  fin  (first  dorsal  fin  if  two)  including  the 
386 Fin Fish

small  scales  and  counting  downward  and  backward  to,  but  not 
including the lateral line scales. 
Scales  below  lateral  line:    These  are  counted  similarly  to  those 
above but upward and forward from the origin of anal fin (including the 
small  scales).    If  continuing  upward  and  forward,  the  series  can  be 
regarded  as  jogging  backward  or  forward,  the  backward  shifting  is 
accepted.  Some authors use scales between pelvic fin and lateral line. 
Morphometric Characters (Fig. 2) 
Among the morphometric characters, standard length, fork‐length, head 
length, snout length,  post‐orbital  length,  pre‐dorsal distance,  pre‐pelvic 
distance  and  pre‐anal  distance  and  gap  width  (the  greatest  transverse 
distance  across  the  mouth  opening  with  mouth  opening  with  mouth 
closed)  are  generally  considered  for  identification  of  fishes.  Pointed 
dividers  or  dial‐reading  calipers  should  be  used  for  recording  the 
measurements. The measurements aim at comparing the body shape in 
different  species  and  characters  such  as  the  positions  of  the  fins  are 
important.    Earlier  works  generally  recorded  measurements  as 
proportions e.g. head length 1/3 in standard length, but percentages are 
now more commonly used e.g. head length as a percentage of standard 
length. 

 
Fig. 2  Morphometric characters in fish 

Standard length:  In systematic work this is typically measured as 
the  distance  from  the  anterior  tip  of  the  snout  or  upper  lip  (whichever 
extends  farthest  forward)  to  the  caudal  base  (junction  of  hypural  bone 
and caudal fin rays) in a straight line. 
Body  depth:    This  is  measured  at  the  deepest  point  exclusive  of 
fleshy or scaly structure at fin base. 
 V. Ramaiyan and M. Kalaiselvam 387

Head length:  This is measured with the mouth closed from the tip 
of  the  snout  or  upper  lip  (whichever  extends  farthest  forward)  to  the 
posterior edge of the opercular bone. 
Snout  length:    This  is  measured  with  dividers  from  the  most 
anterior point on the orbit and the bony opercular margin. 
Postorbital length:  This is the greatest distance between the hind 
margin of the orbit and the bony opercular margin. 
Eye  diameter:    This  is  generally  taken  as  length  of  orbit,  the 
greatest distance between the free orbital rims. 
Upper jaw length:  Lower jaw length is the length of the mandible 
taken  with  one  tip  of  the  dividers  inserted  in  the  posterior  mandibular 
joint to give the maximum possible dimension. 
Gape  width:    This  is  the  greatest  transverse  distance  across  the 
mouth  opening  with  the  mouth  closed.  Gill  rackers  (lower  limb  of  the 
first arch), teeth (number of teeth rows, the relative widths and shapes of 
vomerine  and  palatine  tooth  bands),  lower  pharyngeal  teeth, 
branchiostegal  rays,  barbells,  life  colours,  osteological  features,  the 
structure  of  the  pseudobranchs  and  the  behaviour  of  fishes  are  other 
taxonomic  characters  used  for  the  identification.    These  are,  however, 
less commonly used under field conditions.  

Procedure for Identification 
In  order  to  identify  a  fish,  the  first  step  is  to  collect  the  necessary 
literature  such  as  the  keys,  checklist  and  description  of  the  fishes  of 
region.  The following procedure is to be followed. 
i).  Find key characters of fish. 
ii).  Verify  identification  with  published  descriptions, 
illustrations, etc. 
iii). Comparison  with  identified  reference  material  in  the 
reference collections of the Museums.   
iv). If the  fish is  not comparable  with any of the known species, 
then  confirm  identification  with  a  specialist  to  examine  the 
material before describing the fish as new to science. 
The  old  description  of  new  species  based  on  a  single  specimen 
has now been abandoned.  So long as a species is regarded as a group of 
identical organisms, which is sharply demarcated from any other group 
of  organisms,  the  old  procedure  is  adequate.    But  such  a  system  is  not 
followed  when  it  is  conceded  that  an  intraspecific  variation  exists  and 
388 Fin Fish

organisms  are  in  the  process  of  evolution.    Our  descriptions  of  species 
are to be based on a series of adequate material rather than a single type.  
The morphological characters are still  employed frequently  than others 
but new taxonomic characters such as proteins, chromosome, behaviour, 
ecological  conditions,  host‐parasitic  relations  and  geographical 
characters increasingly supplement them. 
The  modern  systematic  taxonomic  conclusions  are,  therefore, 
reached only on the basis of samples from large populations. In order to 
avoid  any  bias  and  to  accurately  evaluate  the  taxonomic  characters, 
statistical  analyses  of  populations  are  sometimes  necessary.    Often 
samples of  two kinds of  fish will differ  in respect  to the  mean  value of 
some count or morphometric measurements.  In such case the degree of 
confidence  in  the  reality  of  this  difference,  the  variations  (standard 
deviation)  of  the  count  both  the  species  and  the  degree  of  overlap 
should be established with the use of highly refined statistical methods.   
Features used to distinguish the higher categories of genera, families etc., 
are generally more profound and less variable.  Osteological features for 
example,  show  little  variation  and  appear  to  be  less  subject  to 
environmental  influences  than  vertebrae,  scales  and  fin  ray  counts.  
Colour  pattern  and  other  aspects  of  colouration  though  often  of  great 
value  as  specific  characters  among  the  most  can  be  easily  recognized 
and  thus  the  most  convenient  characters  especially  among  the  reef 
fishes. 

Factors Affecting Biodiversity of Fish in Mangrove 
Fish populations are declining in many parts of the world at an alarming 
rate.  The  decline  of  fish  populations  in  mangrove  ecosystem  has 
occurred due to several reasons, namely: i) habitat modification through 
conversion  of  mangrove  areas  into  shrimps/fish  farms,  ii)  aquatic 
pollution  load,  iii)  over‐exploitation  of  fish  populations,  and  iv) 
introduction of certain exotic species/stocks. As a result, the survival of 
some  species  has  become  ‘threatened’.    It  is  estimated  that  about  1800 
fish species in the world are severely threatened.  The decline in size and 
number in the natural fish population has led to loss in genetic diversity, 
which  has  far  reaching  evolutionary  consequences.  This  has  been 
adversely affecting the sustainability of fisheries resources. 
The present marine fisheries scenario in India is characterized by 
declining  yields  from  the  inshore  waters,  increasing  conflicts  between 
different  resource  users,  increasing  demand  for  fish  food  for  domestic 
consumption  and  export  and  prospects  for  large  scale  sea‐farming  and 
 V. Ramaiyan and M. Kalaiselvam 389

coastal  mariculture.    This  warrants  greater  and  more  effective  R&D 

efforts  to  enable  implementation  of  suitable  marine  fisheries  and 
mariculture development. Appropriate conservation measures are to be 
taken up for judicious exploitation of the existing reserves and to impose 
precautionary  measures  to  resist  overexploitation  of  rare  specimens 
leading  to  extinction.    Techniques  of  spawning,  rearing,  sea  ranching 
and  farming  are  to  be  adopted  to  augment  existing  production  of 
commercially  exploited  fishes  from  the  Indian  coast.  Government  of 
Tamil Nadu has implemented ‘closing fishing season’ for 40 days from 
April  to  May  every  year.    This  is  because  of  the  fact  that  most  of  the 
commercially  important  fishes  breed  during  the  40  days  period.  
Establishment  of  marine  parks,  total  ban  on  exploitation  of  breeding 
stocks,  restriction  of  professional  collection  of  ornamental  fishes,  mesh 
size  regulation  for  commercial  exploitation  of  fishes,  and  practice  of 
farming  techniques  are  some  of  the  suggestions  for  conservation  and 
management of fishery resources. 

Key for Identification 
This  key  is  prepared  by  compiling  most  important  external,  easily 
recognizable and to some extent internal characters like gill rackers from 
various  books  and  publications.    The  photographs,  common,  English, 
and FAO names are also given along with species name.  This may help 
in  collecting  precise  species‐specific  data  to  know  abundance  of 
particular species during season. 
 
Elops machnata 
• Dorsal  aspect  of  the  body  bluish‐green,  flanks  silvery;  fins 
yellowish. 
• Body elongate and fusiform, with smooth unkeeled body. 
• Dorsal fin with 20 to 25 soft rays, set near midpoint to body. 
• Anal fin with 18 to 20 rays, its origin well behind last dorsal‐fin 
ray. 
• Pelvic‐fin base below middle of dorsal‐fin base. 
• Scales very small, about 100 along lateral line.     

                             
 
390 Fin Fish

Common Name  :    Tenpounder 

Distribution  :  Pelagic  in  coastal  waters,  entering  lagoons  and 
estuaries. 
Habit and Habitat  :  Spawning  probably  occurs  in  the  sea,  the 
transparent  larvae  (leptocephali)  migrating  to 
inshore  nursery  areas.    Feeds  on  small  fishes 
and crustaceans. 

Stolephorus indicus (Van Hasselt)   
• Color  of  the  fish  pale  cream  when  scales  are  lost,  bright  silvery 
stripe on flanks. 
• Body  fusiform,  nearly  cylindrical,  belly  rounded,  with  3  to  5 
needle‐like scutes between pectoral and pelvic fins. 
• Snout  prominent,  rather  pointed,  maxilla  tip  pointed,  not 
reaching to anterior border of pre‐operculum, posterior border of 
pre‐operculum evenly rounded near maxilla tip. 
• Dorsal fin with 12 to 13 rays without pre‐dorsal spine. 
• Anal fin usually with iii 17 to 20 rays, its origin below dorsal‐fin 
base. 

                       
Common Name  :    Indian anchovy 
Distribution  :  Throughout the southeast Asia. 
Habit and Habitat  :    Pelagic in coastal waters. 

Thryssa  setirosis (Brousonet) 
• Color of the fish back brown, flanks silvery, fins hyaline. 
• Body fusiform, fairly strongly compressed, belly keeled, with 14 
to 17 pre‐pelvic and 8 to 10 post‐pelvic scutes. 
• Snout fairly prominent, bluntly pointed, maxilla short, extending 
only a little beyond gill‐opening, not to pectoral‐fin base, mouth 
strongly oblique. 
• Dorsal fin with 10 to 12 branched rays, a small sharp spine before 
dorsal‐fin and anal fin with 34 to 38 branched rays. 
 V. Ramaiyan and M. Kalaiselvam 391

                
Common Name  :  Longjaw thryssa 
Distribution  :  East  and  west  coast  of  India.    Also  throughout 
Indonesia  to  Japan  and  southward  to  Sydney, 
New Calendonia and Fiji.  
Habit and Habitat  :  Pelagic in coastal waters. 

Chanos chanos 
• Color of the fish back olive‐green, sides silvery, dorsal, anal and 
caudal  fins  with  dusky  margins;  inner  sides  of  pectoral  and 
pelvic fins dusky. 
• Body torpedo‐shaped; no scutes along belly. 
• Mouth  small,  without  teeth,  upper  jaw  slightly  projecting,  with 
no supramaxillae, lower jaw with a small symphysial tubercle at 
tip, fitting into a notch. 
• Dorsal  fin  with  13  to  17  rays,  its  origin  midway  between  front 
border of eye and caudal‐fin base. 
• Anal fin short, with 9 to 11 rays, close to caudal fin. 
• Pectoral and pelvic fins with large axillary scales. 
• Caudal fin deeply forked. 

 
Common Name  :  Milk fish. 
Distribution  :   Throughout  whole  area.    Elsewhere,  eastward 
through Indonesia to Samoa and beyond. 
Habit and Habitat  :    A  coastal  pelagic  species,  entering  estuaries, 
rivers and lakes.  Feed on bottom invertebrates.  
392 Fin Fish

Mugil  cephalus Linnaeus 
• Color  of  the  body  olive‐green  above,  silvery  on  sides,  shading 
into white below; 6 or 7 indistinct longitudinal brown bars down 
flanks, a dark purple blotch at base of pectoral fin. 
• Two widely separated dorsal fins; first fin with 4 spines, second 
fin with 1 spine and 8 soft rays. 
• Anal fin with 3 spines and 8 soft rays. 
• Pectoral  fins  short,  not  reaching  origin  of  first  dorsal  fin,  with 
long axillary scale.  Caudal fin forked. 

 
Common Name  :    Flathead mullet 
Distribution  :  Found throughout the area.   
Habit and Habitat  :  A schooling fish entering estuaries and brackish 
water  lagoons,  frequently  also  entering  fresh 
water.    Feeds  on  small  algae  and  other  organic 
matter  

Hemiramphus far (Forsskal) 
• Color:    dark  bluish  above,  silvery  white  below,  with  3  to  9 
vertical bars on the sides. 
• An  elongate  fish  with  a  greatly  prolonged,  beak‐like  lower  jaw; 
upper jaw short, triangular and scaleless; preorbital ridge absent. 
• Total number of gill rakers on first gill arch 25 to 36. 
• Anal fin rays 10 to 12; Pectoral fins short, not reaching past nasal 
pit when folded forward. 

                    
 
 V. Ramaiyan and M. Kalaiselvam 393

Common name  :  Black‐barred halfbeak 
Distribution  :  An Indo‐West Pacific species. 
Habit and habitat  :    Found in the proximity of continental coasts and 
islands,  chiefly  in  areas  of  rich  submerged 
vegetation.    Adults  feed  mainly  on  sea  grasses, 
to a lesser extent on green algae and diatoms. 

Lates calcarifer (Bloch) 
• Color  of  the  fish  two  phases,  either  olive‐brown  above  with 
silvery sides and belly (usually juveniles) or greenish‐blue above 
and silvery below. 
• Head  pointed,  with  concave  dorsal  profile  becoming  convex  in 
front of dorsal fin. 
• Operculum with a small spine and serrated flap above origin of 
lateral  line;  preopercle  with  a  spine  in  angle  and  serrated  edge 
behind. 
• Mouth  large  and  slightly  oblique,  the  upper  jaw  extending  to 
behind eye; teeth villiform in jaws. 
• Dorsal fin with 7 to 9 spines and 10 to 11 soft rays; a very deep 
notch almost dividing spinous from soft‐rayed part of fin. 
• Anal fin rounded, with  3 spines and 7 or 8 soft rays. 
• Pectoral fin short and rounded. 

 
Common Name  :  Barramundi 
Distribution  :  Sri  Lanka,  perhaps  extending  into  Arabian  Sea.  
Also  present  in  the  Eastern  Indian  and  the 
Western Central Pacific. 
Habit and Habitat  :   Found  in  coastal  waters,  estuaries  and  lagoons.  
Usually occurs at depths of 10 to 40 m.  Feed on 
fishes and crustaceans.  

 
394 Fin Fish

Epinephlus tauvina (Forsskal) 
• Color of the fish ground color of head, body and fins pale brown, 
with numerous dark green‐brown spots; spots on the fins darker.  
Caudal  fin  edged  dusky  black  but  with  a  distinctive  fine  white 
outer margin. 
• Dorsal  fin  with  11  spines  and  15  or  16  soft  rays;  anal  fin  with  3 
spines  and  8  soft  rays  and  caudal  fin  truncate  or  slightly 
emarginated. 
• Preoperculum with convex and finely serrated upper edge with 2 
to  4  strong  serrae  at  angle;  operculum  with  a  convex  upper 
border and 3 flat spines, the middle spine equipment from upper 
and lower. 
• Maxillary  (upper  jaw)  extending  to  vertical  through  posterior 
edge of eye. 

                           
Common Name  :  Greasy grouper 
Distribution  :  Throughout  the  tropical  Eastern  Indian  Ocean 
and  the  Western  Central  Pacific  to  the  Pitcairn 
Islands in the east.  
Habit and Habitat  :    Primarily a coral‐reef species found in depths of 
1 to at least 50 m.  

Silago sihama (Forsskal) 
• Color:  back light brown, lower ventral flanks and belly whitish 
or silvery, without dark blotches. 
• First dorsal fin higher than second and with 11 weak spines. 
• Anal fin with 2 spines and 21 to 24 soft rays. 
• Swimbladder with 2 postcoelomic extensions. 
 V. Ramaiyan and M. Kalaiselvam 395

              
Common name  :  Silver sillago 
Distribution  :    Throughout most of the area.   
Habit and habitat  :    Inhabits  shallow  sandy  bottoms  of  shores  and 
bays,  also  estuaries.    Feeds  on  small 
invertebrates.   

Eletheronema tetratactylum (Shaw) 
• Color:    body  silvery  green  above;  cream  below;  pectoral 
filamentous rays white. 
• Lips absent, except for lower lip near corner of mouth. 
• Eyes large. 
• Pectoral  fins  in  2  parts,  upper  part  with  all  rays  unbranched, 
lower  part  with  4  free  filamentous  rays  of  which  the  upper 
filament is the longest, reaching to pelvic fin base. 

             
Common name  :  Fourfinger threadfin 
Distribution  :   In the area, from the “Gulf” to the west coast of 
India and Sri Lanka. 
Habit and Habitat  :   Lives  mainly  over  shallow  muddy  bottoms  in 
coastal waters, also enters rivers. 

Boleophthalmus boddarti (Pallas, 1770) 
• Scales  are  extending  forward  on  the  back  of  the  head  to  the 
eyes, on the gills covers and the throat; also pectoral fin bases 
are covered with scales. 
• Second dorsal fin uniform in height. 
396 Fin Fish

• Body  brownish  grey  or  yellowish  brown  with  irregular 

coalescent  spots  and  elongate  dark  brown  spots  along  the 
mid line. 
• A conspicuous black spot on the first dorsal fin. 
• Pelvic fins fused by membrane which also extends across the 
fornt of these fins as a skin fold. 
• No lateral line on the sides of the body. 
 
   
 
 
 
 
Common name  :  Mudskipper 
Distribution  :    Marine,  brackish,  and  occasionally  freshwater;
      most tropical and subtropical areas. 
Habit and habitat  :  Inhabit mangrove and mudflat areas