Das Universitätsarchiv Duisburg-Essen wurde am 26.04.2006 offiziell eröffnet, nachdem das Rektorat die Universitätsbibliothek im Februar des Jahres 2006 damit beauftragt hatte, die Gründung eines Universitätsarchivs zu organisieren.

Im März 2006 konnte mit Dr. Ingo Runde ein wissenschaftlicher Archivar eingestellt werden. Seitdem übernimmt das Universitätsarchiv die Unterlagen der Universität Duisburg-Essen und ihrer Vorgängerinstitutionen und stellt sie der Öffentlichkeit zur Benutzung bereit.

Im Dezember 2008 organisierte das Universitätsarchiv ein Symposium zum 40-jährigen Jubiläum der Eröffnung der Gebäude der Pädagogischen Hochschule Ruhr in Duisburg. Der Tagungsband "Lehrerausbildung an Rhein und Ruhr im 20. Jahrhundert", herausgegeben von Dr. Ingo Runde, erschien im Sommer 2011.

Von März 2011 bis Juli 2012 war Kristin Kalisch, M.A. die Leiterin des Universitätsarchivs.

Im Rahmen des zehnjährigen Bestehens der Universität Duisburg-Essen 2013 erstellte das Universitätsarchiv eine Ausstellung mit Begleitband zum Zusammenspiel zwischen Hochschularchitektur und Studienreform der 1970 und 1980er Jahre unter dem Titel: „(An)Ordnungen-(Um)Ordnungen – Hochschulbauten in Duisburg und Essen 1972-1982“.

Von Mai 2013 bis Dezember 2024 war Dr. Hendrik Friggemann Leiter des Universitätsarchivs. Im WS 2018/19 hielt das Universitätsarchiv die Tagung und Vortragsreihe „Eine Region und ihre Hochschulen. Duisburg und Essen 1655 – 1818 -2018“ ab.

Seit Januar 2025 hat Elke Donath die operative Leitung des Universitätsarchivs übernommen.